Летопись войн в школе Мурё

Семнадцатилетний Шиничи Кудо обладает высоким интеллектом и известен как способный детектив-любитель. После посещения парка аттракционов со своей подругой детства Ран Мори он становится свидетелем подозрительной сделки между членами преступной организации. Шиничи замечает одного из участников, после чего его оглушают и насильно заставляют проглотить экспериментальное вещество. Потеряв сознание, он приходит в себя с изменённым телом.

Проснувшись, Шиничи обнаруживает, что его организм регрессировал до состояния ребёнка примерно семи лет. Опасаясь преследования со стороны организации, которая теперь знает его в лицо, он решает скрыть свою личность. Шиничи берёт псевдоним Конан Эдогава и поселяется в доме Ран, чей отец, Когоро Мори, работает частным детективом. Интеллектуальные способности Шиничи сохраняются, и он использует их для помощи в расследованиях, оставаясь незамеченным.

Конан начинает тайно направлять Когоро в раскрытии сложных дел, используя различные приспособления и знания. Параллельно он ищет способ вернуть своё тело в исходное состояние, изучая информацию о веществе, которое ему дали. Основной интригой становится противостояние с преступной организацией, а также попытки Конана сохранить свою тайну от Ран и окружающих.