В середине XIX века на территорию Японии прибыли корабли инопланетной расы Аманта. Целью захватчиков был захват планеты Земля. Традиционное вооружение, включая ружья асигару и мечи самураев, оказалось неэффективным против технологий пришельцев. Сёгунат был вынужден подчиниться новым властям. Однако политическая группировка Дзёи, ранее участвовавшая в национальном движении, начала активное сопротивление Аманте. Члены этой группы подвергаются преследованию со стороны Синсэнгуми и сёгуната.

Старшеклассник Кайто обладает способностью быстро и точно решать головоломки. Ему предлагают пройти специальный тест, который оказывается ловушкой. Это испытание представляет собой Головоломку Философа, созданную организацией «POG». Лабиринт содержит ловушки и задачи, ошибки в которых ведут к гибели. Кайто удаётся выбраться и спасти свою подругу детства Ноноху, оказавшуюся в ловушке вместе с ним. После этого инцидента Кайто становится Решателем. Его задача - разгадывать загадки, оставленные

События происходят в 1983 году. Кэйити Маэбара переводится в школу деревни Хинамидзава. Он знакомится с ровесницей Рэной Рюгу, старостой Мион Сонодзаки, её сестрой-близняшкой Сион, а также с младшими по возрасту Рикой Фурудэ и Сатоко Ходзё. Вскоре Кэйити узнает о ежегодном фестивале «Ватанагаси», который проводится в поселении и посвящен Богу Оясиро-сама. Подруги сообщают Маэбаре, что в день фестиваля регулярно происходят исчезновения и убийства. Полиция не раскрыла эти преступления, и среди

Субару Нацуки после многократных попыток смог одержать победу над Петельгейзе Романе-Конти. Казалось, что все основные препятствия позади, и он сможет воссоединиться с Эмилией. Однако на повозку, в которой находились Рем и леди Круш, нападают двое членов Культа Ведьмы. В результате нападения обе девушки теряют память. Кроме того, все окружающие полностью забывают о существовании Рем. Субару осознает, что ситуация не завершилась, как он предполагал. Он понимает, что Эмилия и его друзья

Хиори, школьница с жизнерадостным характером, увлекается рыбалкой с использованием нахлыста. Этот способ ловли она переняла у своего отца. Из-за необычного хобби Хиори не находит понимания среди сверстников, но оно приносит ей удовлетворение. Девочка стремится сохранить и продолжить семейную традицию, не ожидая, что это увлечение повлияет на её жизнь. В один из дней Хиори встречает девочку по имени Кохару. В ходе разговора выясняется, что Кохару является её сводной сестрой: у них разные отцы.

Кирито и Асуна оказываются вовлечены в инцидент на секретной базе, где тестируется система "Алисизация". Происходит нападение на объект, что создает угрозу для всего онлайн-проекта "Underworld". Персонажи начинают выяснять, кто стоит за атакой. В ходе расследования устанавливается, что нападение организовала преступная группировка, целью которой является получение программного кода. Злоумышленники планируют использовать код в собственных интересах. Кирито осознает, что