Корпорация «Инферно» стремится установить контроль над США, устраняя лидеров американской мафии. Основным инструментом выступает профессиональный убийца по прозвищу «Фантом», также известный как призрачный киллер. О нём ничего не известно, кроме прозвища, так как он не оставляет свидетелей. Во время одного из убийств случайным свидетелем становится японский турист, путешествующий по США. Глава «Инферно» отдаёт приказ не убивать парня, поскольку у организации на него есть определённые планы.

Действие аниме разворачивается в девятнадцатом веке, в период Бакумацу. В это время происходит первое в истории человечества столкновение с инопланетной цивилизацией. Корабли пришельцев прибывают с целью колонизации Земли. Воины-самураи пытаются дать отпор, но их традиционное оружие оказывается неэффективным против передовых технологий захватчиков. Правительство капитулирует, что приводит к расколу в обществе. Часть населения принимает новую власть, сформированную при участии инопланетян.