Действие разворачивается в будущем, где человечество осваивает космос. После войны с расой гигантов Зентради люди стремятся к мирному сосуществованию с другими инопланетными расами. Главный герой Алто Сайянаги планирует стать звездным певцом и мечтает о полетах в космосе. Его жизнь меняется после знакомства с певицей Шерил Ном, которая прибывает на колонию Макросс Фронтир для концерта. Вскоре на колонию нападают неизвестные космические корабли. Алто вместе с друзьями присоединяется к обороне,

Персонаж Шизуку Китаяма, одноклассница Миюки Шибы, отправляется на обучение в Америку. Обычно маги не могут покидать территорию своей страны, так как это считается раскрытием государственных тайн. Однако существует исключение - программа обмена учениками, которая делает такое перемещение возможным. По этой программе в Японию из USNA прибывает студентка по обмену Анджелина Кудо Шилдс. Она становится одноклассницей главных героев. Ее появление совпадает по времени с серией нападений на магов,

Главный герой Кэйити переезжает в небольшую деревню Хинамидзава. Он обладает привлекательной внешностью и сразу оказывается в центре внимания местных девушек. Кэйити быстро вливается в школьный коллектив и начинает общение с несколькими ученицами. Каждая из них проявляет к нему интерес, что связано с его умом и внешними данными. Главный герой планирует остаться в Хинамидзаве на длительный срок. В деревне идет подготовка к ежегодному празднику. Это событие имеет значение для дальнейшей жизни

Коута переезжает из сельской местности в город для продолжения обучения. Он характеризуется как скромный и застенчивый молодой человек. До перехода в новую школу у него не было романтического опыта, и девушки не проявляли к нему интереса. Его повседневная жизнь была лишена событий, связанных с отношениями. В новой школе Коута привлекает внимание старшеклассницы по имени Тидзура. Девушка демонстрирует настойчивый и прямой интерес к нему. Она открыто выражает желание, чтобы Коута стал её парнем.

Человечество столкнулось с угрозой полного вымирания из-за появления Титанов - гигантских существ, уничтоживших большую часть живого на планете. Люди были вынуждены адаптироваться к новым условиям и построили огромную стену, которая временно обеспечила их безопасность. Второй фильм повествует о продолжении борьбы людей за выживание, где основное внимание уделяется попыткам сохранить жизни и изменить ход событий. Титаны совершили новое нападение на поселения людей, уничтожив почти всех жителей.