Кадзухико Нукумидзу становится свидетелем того, как его одноклассница Анна Янами получает отказ от парня, к которому она проявляла интерес. Этот случай привлекает его внимание к феномену, при котором некоторые девушки, обладающие привлекательностью и способностями, оказываются в позиции отвергнутых. Подобные ситуации формируют основу для дальнейших событий. Впоследствии Кадзухико встречает других девушек, оказавшихся в аналогичном положении. Каждая из них имеет свои особенности, личные истории

Сюжет разворачивается в Японии, где размеренный уклад жизни нарушается после того, как половина населения крупного города бесследно исчезает. В центре повествования находится Такуя, молодой курьер, выполняющий условия договора с транспортной компанией. Первоначально его деятельность не связана с произошедшим, но события ускоряются после встречи с девушкой по имени Юки. Она оказывается единственной, кто вернулся в опустевший мегаполис после массового исчезновения. Юки сообщает Такуе, что пропажи

Сёстры Фу и Руи раньше часто проводили время вместе, но со временем их отношения ослабли из-за разных интересов и повседневных занятий. Фу обнаруживает неизвестный космический корабль, появившийся рядом с населённым пунктом, и вступает с ним в контакт. После этого она получает магическую силу. Почти одновременно Руи также приобретает аналогичные способности, но источником её силы оказывается другой объект, не связанный с находкой сестры. Обе девушки могут трансформироваться во взрослые версии

Кирито, главный герой, вновь оказывается в виртуальном мире онлайн-игры. Он приходит в себя в лесу, где встречает мальчика по имени Юджио. Юджио утверждает, что знаком с Кирито, что вызывает у последнего замешательство. Поведение мальчика отличается от типичных NPC - он проявляет человеческие эмоции и говорит искренне. Кирито решает довериться Юджио. Юджио помогает восстановить память Кирито, которая была частично утрачена. Главный герой начинает вспоминать свою прошлую жизнь. В его сознании