Сюжет разворачивается после возвращения Наруто в родную деревню, где он завершил длительное обучение под руководством Джирайи. Главный герой входит в обновлённую команду, в которую, помимо Сакуры, включён новый участник по имени Сай. Их первая миссия связана с отправкой в Деревню Песка для оказания помощи Гааре. В этот период активизируется организация Акацуки, чья цель состоит в захвате всех хвостатых зверей. Один из таких зверей находится внутри Гаары. Прибыв в Деревню Песка, Наруто